Von einer Kirchensteuer im heutigen Verständnis kann ansatzweise erst seit Beginn des 19. Jahrhunderts gesprochen werden. Durch den Reichsdeputationshauptschluss von 1803 wurde den weltlichen Fürsten des Reiches eine Entschädigung für die im Frieden mit Frankreich (Luneville 1801) besiegelte Abtretung ihrer linksrheinischen Gebiete (an Frankreich) zugesichert. Im Zug dieser Entschädigung wurden fast alle rechtsrheinischen reichsunmittelbaren geistlichen Gebiete auf die zu entschädigenden Territorialherren aufgeteilt (Ausnahme unter anderem das Bistum Regensburg). Ferner wurde diesen zugestanden, auch die Güter der in ihren Ländern gelegenen fundierten Stifte, Abteien und Klöster einzuziehen. Davon machten alle außer den Habsburgern Gebrauch.
Das gesamte Vermögen in der Hand der Kirchen, geistlicher und religiöser Institutionen, das die öffentliche Funktion der Kirche betraf, wurde von der öffentlichen Gewalt beansprucht. Das für die Seelsorge, Caritas und unter Umständen noch Unterricht vorhandene Vermögen wurde nicht nur von der Säkularisation ausgenommen, sondern auch ausdrücklich vor jeder Zweckentfremdung geschützt. Nach 1803 gab es also nur noch das der Seelsorge dienende „eigentümliche Kirchengut“. Es befand sich fast ausschließlich bei den einzelnen Gemeinden und umfasste drei Arten von Vermögensträgern: zunächst die Pfründe, darunter versteht man die Vermögensmasse, aus deren Ertrag die Versorgung des jeweiligen Stelleninhabers bestritten wird; dann die Kirchenstiftung, jenes Erwerbsvermögen, mit dem sowohl die Unterhaltungskosten für die der Seelsorge dienenden Gebäude als auch alle Auslagen für den Gottesdienst zu bestreiten sind; schließlich noch Stiftungen für Arme, Kranke und u. U. für Schulen, soweit Stiftungen solcher Zielsetzung in einzelnen Gemeinden vorhanden waren.
In vielen konkreten Fällen blieb auch dem säkularisierenden Staat weiterhin die Sorge für den Unterhalt von Kirche und Pfarre. Mit der damals allen staatlichen Behörden eigenen umsichtigen Sparsamkeit begannen diese nach 1803, die kirchlichen Bedürfnisse zu befriedigen. Für einige Zeit kamen sie auch leidlich damit zurecht. Doch die finanziellen Aufgaben der Kirche wuchsen: Die Bevölkerungszunahme, die beginnende Industrialisierung und das Entstehen großer Städte stehen dahinter. Außerdem setzte langsam eine Binnenwanderung ein. In den wichtigsten industriellen Ballungsräumen wurde durch Zuwanderung die bisherige konfessionelle Geschlossenheit aufgebrochen. Es entstanden Diasporagemeinden. Die politischen Gemeinden konnten zur Finanzierung dieser Aufgaben nicht mehr angehalten werden. Denn zu der gleichen Zeit vollzog sich die langsame Trennung von politischer und kirchlicher Gemeinde. Es kamen weitere Beeinträchtigungen der Kirchen hinzu: Im Gefolge der revolutionären Bewegungen von 1848 fielen viele am Grundbesitz haftenden dinglichen und persönlichen Leistungen, also Zehnt und andere Abgaben in Geld und Naturalien sowie persönliche Handdienste weg. Den kirchlichen Vermögensträgern wurde für diese Ertragsminderung des Vermögens keine Entschädigung geleistet. Angesichts dieser und anderer Einnahmeminderungen wurde den Kirchen das Besteuerungsrecht anfangs aufgezwungen, um sich staatlicherseits zu entlasten. Vgl. Erwin Gatz
So beginnt 1827 in Lippe-Detmold die Einführung der Kirchensteuer, nachdem sie 1808 in Preußen noch gescheitert war. Es folgen 1831 Oldenburg, 1835 die preußischen Provinzen Rheinland und Westfalen durch die rheinisch-westfälische Kirchenordnung, 1838 Sachsen, 1875 Hessen, 1888 Baden, 1892 Bayern und 1905/1906 Preußen.
Das staatliche Hoheitsrecht wurde zunächst nicht allen Kirchengemeinden gegeben und sollte auch kein Recht auf Dauer sein. Die Einrichtung der Kirchensteuer erfolgte also auf Initiative des Staates und war von ihrem Ursprung her nur als zusätzliche Hilfsquelle für besondere Aufgaben einer einzelnen Gemeinde gedacht.
Der Staat wachte streng über dieses von ihm geliehene Hoheitsrecht. Steuern durften grundsätzlich nur für Bedürfnisse der eigenen Gemeinde erhoben werden. Waren diese Bedürfnisse hoch, dann konnte vor der staatlichen Behörde ein entsprechend hoher Hebesatz beantragt werden. So kam es dazu, dass in der einen Gemeinde überhaupt keine Kirchensteuer erhoben wurde, in einer zweiten dagegen eine Steuer mit einem Hebesatz von 4 Prozent und in einer dritten eine mit einem Hebesatz von 22 Prozent. Reichere Gemeinden durften ihren ärmeren Schwestergemeinden nicht ausgleichend zur Hilfe kommen. Allerdings sah der staatliche Gesetzgeber den Zusammenschluss mehrerer Gemeinden zu einem Kirchensteuerverband vor. In Berlin schlossen sich etwa nach 1895 alle protestantischen Gemeinden zu einem Ortskirchensteuerverband zusammen. Damit gab die Einzelgemeinde das ihr vom Staat verliehene Hoheitsrecht an den Ortsverband ab. Doch bei weitem nicht alle Städte akzeptierten derartige Zusammenlegungen. Viele fürchteten um ihre finanzielle Autonomie. Die staatliche Kirchensteuergesetzgebung war demnach ein fast vollständig auf die einzelne Ortsgemeinde zugeschnittenes Gesetz. Mit dem Ziel, zu einer Selbstfinanzierung der Kirchen und dementsprechend zu einer stärkeren Entflechtung von Staat und Kirche zu kommen, wurden landesweit Kirchensteuern eingeführt, etwa 1875 in Preußen, 1887 in Württemberg und 1912 im Königreich Bayern.
1919 wird die Kirchensteuer in der Weimarer Reichsverfassung verankert. In Artikel 137, Absatz 6 heißt es: „Die Religionsgesellschaften, welche Körperschaften des öffentlichen Rechtes sind, sind berechtigt, auf Grund der bürgerlichen Steuerlisten nach Maßgabe der landesrechtlichen Bestimmungen Steuern zu erheben.“ Das Reichskonkordat von 1933 zwischen Hitler und dem Hl. Stuhl sicherte der katholischen Kirche weiterhin das Recht auf Erhebung von Kirchensteuern zu (Schlussprotokoll zu Artikel 13). Während im nationalsozialistischen Deutschland die Bestrebungen eher dahin gingen, regimefeindliche Religionen zu unterdrücken, blieb die Kirchensteuer unangetastet, und die Lohnsteuerkarte wurde erweitert um den Eintrag „Konfession“. Erst zum 1. Dezember 1941 beschloss die Reichsregierung per Gesetz, die staatliche Mithilfe bei der Erhebung der Kirchensteuer zu verweigern, beließ jedoch den Eintrag auf der Lohnsteuerkarte. Das führte 1943 beispielsweise in Bayern dazu, die Kirchensteuer wieder durch eigene Kirchensteuerämter einzutreiben. Das Grundgesetz für die Bundesrepublik Deutschland übernahm 1949 durch seinen Artikel 140 die Weimarer Regelung. Es heißt dort: „Die Bestimmungen der Artikel 136, 137, 138, 139 und 141 der deutschen Verfassung vom 11. August 1919 sind Bestandteil dieses Grundgesetzes.“